同題材的《海底總動員》和《鯊魚傳説》，是皮克斯和夢工廠激烈競爭最明顯的表現
題材針鋒相對
在對卡岑伯格咬牙切齒之餘，皮克斯也嘗到了跟邁克爾·埃斯納打交道的惡果。《玩具總動員》上映後第二個月，邁克爾·埃斯納便利用喬布斯的野心和拉塞特的童真空手套白狼了一部合同外的電影——《玩具總動員2》。
儘管當時皮克斯的大部分人員都被抽調過去支援《蟲蟲危機》，以跟《小蟻雄兵》對抗，但還是有少數精銳力量率領不少雇傭軍留了下來繼續製作《玩具總動員2》。這集故事雖然緊湊，影片長度卻略顯不足。以至於拉塞特不得不為空下的12分鐘添些什麼絞盡腦汁。儘管這是部製作縮水的續集電影，商業上卻取得了巨大成功。該片成為當年年度總票房最高的動畫電影，全美票房高達2.45億美元，全球票房為4.86億美元。這個成績比皮克斯前兩部電影的票房成績高出許多。《玩具總動員2》在當時是歷史上總票房僅次於《獅子王》的動畫片。
製作《蟲蟲危機》和《玩具總動員2》時，皮克斯便已經開始了雄心勃勃的《怪獸公司》計劃。通過這部影片，皮克斯可以進一步提升毛髮的製作水準，彰顯技術實力。可對皮克斯而言，這部影片的製作經歷如同噩夢。由於當時皮克斯缺乏保密措施，怪獸選題同樣外泄給了卡岑伯格。由於《怪獸公司》從創意到成型足足用了五年時間，夢工廠動畫有充裕時間作出反應。2001年5月，夢工廠動畫那部以怪物主角的《史瑞克》上映了。這只是噩夢的開始。
2001年10月，皮克斯同編年史出版社合作，出版了《<怪獸公司>設定集》。創作了許多兒童歌曲的羅莉·馬德里發現，影片故事和自己創作的音樂劇有很多相似之處。她認為皮克斯公司抄襲了自己的作品，並將皮克斯告上了法庭。此時距離影片上映只有一個月的時間。假如此時法庭《怪獸公司》發佈預先禁止令，迪士尼之前的宣傳費用和影片因錯過檔期帶來的一系列損失將無法估量。影片在全美3200家影院上映的前一天，法官決定不頒發禁止令。這個官司一直拖到次年6月才終結。法官最後判決，同樣的噩夢不算侵權。
《怪獸公司》上映時，夢工廠發行了《史瑞克》的DVD以分散公眾注意力。就在那個週末，《史瑞克》的DVD零售收入超過了《怪物公司》的票房收入。儘管後來《怪物公司》同樣獲得了一致好評，並超越了《玩具總動員2》的總票房成績，卻在奧斯卡頒獎晚會上輸給了《史瑞克》。
2002年10月1日，《怪物公司》上映後不到一年又發生了一起版權糾紛。62歲的藝術家和插圖畫家斯坦利·米勒狀告這部電影抄襲了的手稿。這場官司直到2006年才算了結。皮克斯和其他被告于米勒達成了一個不公開的協議。
內憂外患讓皮克斯公司的高層感到透不過氣。隨後的日子裏，皮克斯加強了保密工作。儘管如此，卡岑伯格仍會盡力打探皮克斯的項目內容，並在最短的時間製作出相同題材與皮克斯打擂臺。皮克斯做《海底總動員》，夢工廠做《鯊魚傳説》；皮克斯做《料理鼠王》，夢工廠做《鼠國流浪記》；皮克斯做《機器人總動員》，夢工廠做《怪物大戰外星人》……
儘管當年夢工廠的《埃及王子》獲得了一致好評，卻因成本和發行問題血本無歸。此後迪士尼的《變身國王》《亞特蘭蒂斯》和《星銀島》等片表現令人失望。傳統動畫在電腦3D動畫面前顯得有些力不從心。卡岑伯格也將工作重心轉向了同皮克斯的死磕。
2010年，一部《馴龍記》炸開初夏市場後，夢工廠又推出了《史瑞克4》同皮克斯的《玩具總動員3》進行對磕。兩個老對手的看家之作終於正面交鋒了。這場戰役誰勝誰負都不重要。重要的是，他們還將死磕下去，一如既往。
附錄：皮克斯和夢工廠的爭霸戰
皮克斯 夢工廠
1995 玩具總動員
1996
1997
1998 蟲蟲危機小蟻雄兵、埃及王子
1999 玩具總動員2
2000
2001 怪物公司 11月史瑞克 5月
2002 (小馬王)
2003 海底總動員(辛巴達)
2004 超人特攻隊史瑞克2、鯊魚傳説
2005 馬達加斯加
2006 汽車總動員籬笆墻外、鼠國流浪記
2007 美食總動員史瑞克3、蜜蜂電影
2008 機器人總動員功夫熊貓、馬達加斯加2
2009 飛屋環遊記怪物大戰外星人
2010 玩具總動員3馴龍記、史瑞克4、超級大壞蛋
2011功夫熊貓2、靴貓
(電影發狂)